Successo a Bonifacio VI, Stefano VI convocò un concilio di preti e di vescovi della fazione alla quale apparteneva, e, fatto esumare il cadavere di papa Formoso, accusò questo di usurpazione, condannò la sua memoria ad una infamia perpetua e dichiarò annullati tutti gli atti del suo pontificato. Fece inoltre tagliare al cadavere le tre dita con le quali si dà la benedizione papale, e fece gettare nel Tevere i miseri resti. La fazione contraria formò poco tempo dopo una congiura contro Stefano, che venne imprigionato e poi fatto strangolare.