L’origine di questo santuario è legata ad un evento miracoloso. Al tramonto del 6 agosto 1688 il contadino Bartolomeo Mezzèra fu costretto ad abbandonare il lavoro nei campi nella valle di Lezzeno a causa di un furioso temporale estivo. Si rifugiò in una cappelletta che aveva fatto costruire al margine del bosco e nella quale aveva collocato un medaglione in gesso raffigurante l’immagine della Regina della Pace, venerata nel santuario di Nobiallo sull’altra sponda del lago. Ogni volta che vi passava, si fermava a recitare l'Ave Maria. Quel pomeriggio, preoccupato per la sorte dei suoi vigneti minacciati dalla tempesta, alzò lo sguardo implorante verso la Madonnina di gesso e la vide piangere lacrime di sangue. La notizia si diffuse rapidamente tra i fedeli che accorsero numerosi. L’Arcivescovo di Milano sottopose l’avvenimento all’analisi di una commissione. In seguito a controlli e colloqui con i testimoni, il miracolo fu riconosciuto. Il pianto di Maria è stato collegato agli eventi travagliati del XVII secolo: i truci effetti della discesa dei Lanzichenecchi, la terribile Peste del 1629-30, i saccheggi delle truppe francesi, la minaccia rappresentata dalla discesa dell’eresia protestante. Il 6 agosto 1690, ottenuta l'approvazione canonica, il prevosto di Bellano diede inizio alla costruzione del Santuario sul colle che domina Bellano, poco più a monte del luogo dove era avvenuto il miracolo.