Verso la fine del 1300, un certo Bonora Ondidei di Levola di Montefiore Conca (RN) si ritirò sul Monte Auro per dedicarsi alla preghiera. Qui abitò nella località di Villa S. Martino in una casetta di tre stanze, una delle quali adibita a cappella, adornata di affreschi raffiguranti Gesù, la Madonna e i santi. E' proprio l'immagine della Madonna che è diventata oggetto di devozione dei fedeli. La Vergine, venerata con il titolo di Madre della Divina Grazia, è raffigurata con il bambino seduto sulle ginocchia che prende il latte. Indossa una veste di colore rosso con il manto azzurro e sul petto ha una stella raggiante. L'affresco è attribuito alla scuola giottesca riminese. Lo stesso Bonora donò, con atto notarile, il 7 ottobre 1409, il terreno, la casa e la cappella al Terzo Ordine della Somma Penitenza di S. Francesco. I frati continuarono ad essere presenti nella cella di Bonora fino al 1652, quando il papa Innocenzo X soppresse i piccoli conventi. I beni del convento e la chiesa furono assegnati al Monastero delle monache dette prima le Convertite, poi di Santa Maria Maddalena, poi del Cuore di Gesù di Rimini. Nel 1796 le leggi napoleoniche soppressero anche questo ordine e furono chiusi sia il convento che la Cella di Bonora. Nonostante ciò, continuavano i pellegrinaggi della popolazione all'immagine della Madonna della Cella di Bonora. Nel 1833 ci fu un fatto clamoroso che aumentò la fama di questo luogo mariano già tanto amato: il primo miracolo. Annunziata Rossi, contadina di 31 anni che viveva nel Borgo di Montefiore, era gravemente ammalata da una forma di quella che oggi noi chiameremmo avitaminosi. Un consulto medico di luminari della zona aveva emesso una diagnosi mortale. La donna decise allora di recarsi a pregare di fronte all'immagine della Madonna della Cella di Bonora. Trascinandosi a fatica, da sola, pregò intensamente chiedendo di guarire e ritornò a casa completamente guarita. La Curia di Rimini svolse un regolare processo canonico. Questo fu il primo miracolo storicamente accertato. Nel 1834 il parroco di Montefiore, don Domenico Rovelli, per conservare al meglio l'immagine della Madonna, visto lo stato di progressivo abbandono e rovina dei luoghi della Cella di Bonora, decise di far tagliare la parete dove era stata dipinta per trasportarla poi in paese presso la chiesa parrocchiale di San Paolo. Ma qualcosa fece interrompere questo progetto. Infatti, tutte le volte che il muratore tentava di staccare con i suoi attrezzi questo dipinto dal muro veniva come accecato e non riusciva a continuare il lavoro. Così il parroco fu costretto a cambiare idea e nel 1835 incaricò un ingegnere di Gemmano di realizzare un progetto di sistemazione e ampliamento della Cella di Bonora. Nel 1837 il vescovo di Rimini, Mons. Francesco Gentilini eresse a Rettoria il Santuario affidando il servizio pastorale dei pellegrini ad un sacerdote. Nel 1828, caduto il Regno Italico, i beni del santuario passarono all'amministrazione della Camera Apostolica e questa li cedette, nel 1839 ai frati del Convento di S. Girolamo di Saludecio. Furono poi riacquistati dai montefioresi nel 1841. La Nuova Cella fu edificata nel 1852 con l'apertura di due cappelle laterali dedicate a San Cristoforo e a San Martino vescovo. Negli anni seguirono altri lavori e ampliamenti. Nel 1911 fu eretto il campanile. Dal 1927 al 1935 furono realizzate numerose opere artistiche, tra le quali l'affresco raffigurante Bonora orante davanti al dipinto della sua Madonna, del pittore Brici di Rimini, posto all'ingresso della porta laterale, come "icona" del pellegrino di ogni tempo. Nel 1913 don Pio Sanchini, con l'aiuto del fratello don Tommaso, assunse la direzione del Santuario. I due sacerdoti (le cui spoglie sono conservate all'interno del santuario) saranno sempre ricordati come i protagonisti di una nuova fase di splendore del Santuario di Bonora. Nell'estate del 1938 lo Stato Italiano, con un atto firmato dal re Vittorio Emmanuele II e dal presidente del Consiglio Benito Mussolini, costituì il Santuario in Ente Morale Religioso. Il 16 Maggio 1926 il Patriarca di Venezia Card. Pietro La Fontaine incoronò, durante una solenne cerimonia, l'immagine della Madonna. Dal 1949 al 1956 il Santuario fu affidato ai Padri Minimi di San Francesco di Paola di Rimini. Nel 1956 è ritornato sotto la responsabilità del Seminario diocesano che vi costruì la villa estiva. Attualmente è di proprietà della Diocesi di Rimini che vi ha posto un sacerdote con il titolo di Rettore.