L’origine del santuario dedicato alla Madonna del Pilar è così narrata. Una notte, una sentinella spagnola si è addormentata al suo posto di guardia sul mare, nel bastione del forte. Improvvisamente, è svegliata da un dolce tocco sulla spalla, mentre una voce avvertiva: «Despierta, fieno moros en la costa! - Svegliati, stanno arrivando dal mare i moros!». Aperti gli occhi, la sentinella vide una bella signora, rivestita di un luccicante abito bianco, e puntandole il fucile contro gridò: «Alto, quien viene? - Alt! Chi va là?». La Signora rispose: «Sentinela, en tu cuarto no ves el alba del dia, no conosces Maria: a quien mandas ser alto? - Sentinella, dal tuo posto (di guardia) non si vede l’alba del giorno e non riconosci Maria: chi vuoi arrestare?». Al che la sentinella rispose: «Perdóname, Señora mia, madre de mi corazon; soy una pobre sentinela y solista cumplo mi obligacion! - Perdonami, Signora mia, madre del mio cuore; sono una povera sentinella e adempio solo al mio dovere di guardia!». Così, la sentinella poté dare l’allarme per l’imminente sbarco dei mori che, nella feroce battaglia che ne seguì con i soldati spagnoli, perirono quasi tutti. Narrando la sua esperienza al Comandante del porto, la sentinella fu obbligata a stendere la mano destra sul fuoco, per provare la veridicità delle sue parole con giuramento; ma la mano non fu toccata dal fuoco, così si ebbe conferma della straordinaria intercessione della Vergine del Pilar, tanto venerata in Spagna. Un altro evento miracoloso è narrato per ricordare l’intercessione della Madonna del Pilar durante lo tsunami che ha colpito Zamboanga e la zona di Sulu, il 21 settembre 1897, con un’intensità tale da sventrare il terreno e inondare la città, spazzando via tutto ciò che si trovava a venti metri sul livello del mare, due ore dopo la prima scossa. Quelli che sono riusciti a sfuggire al maremoto, cercando salvezza sulle colline circostanti, supplicarono la Vergine a liberarli da questo flagello; e fu così che, improvvisamente, il maremoto cessò e le onde del mare si placarono. E i presenti giurarono di aver visto la Donna vestita di bianco, in piedi sulle acque dello Stretto di Basilan, stendere la sua mano sul mare, ordinandogli di placarsi. È così che il 21 settembre di ogni anno, le Chiese cattoliche di Zamboanga, Basilan e Sulu celebrano l’Eucaristia di ringraziamento, affinché queste comunità cristiane ricordino sempre la grande prova dalla quale furono liberate, per intercessione della Madonna del Pilar.