Nel novembre del 1549 è conclusa dal Vescovo Mons. Francesco da Gagliano, con grande soddisfazione di tutto il popolo, la ricognizione del miracolo della Madonna dell’Umiltà avvenuto in Pistoia il 17 luglio 1490. Tra la fine del 1200 e gli inizi del 1500 corrono tempi tristissimi per gli abitanti di Pistoia, a motivo delle continue lotte tra le varie Famiglie potenti e prepotenti. Grande però è la devozione della popolazione per la Beata Vergine Maria, sempre premurosa e materna, alla quale sono dedicate numerose cappelle. Tra queste, poco fuori della cerchia antica delle mura della città, presso Porta Lucchese Porta vecchia, sorge una chiesetta detta S. Maria fuori di porta. È umile, modesta, in mezzo ai prati ed agli orti. Sulla parete di un altare secondario, presso la porticina del campanile, un pittore, certo Giovanni di Bartolomeo Cristiani (o secondo altri, certo Fra Paolo o Barnaba da Modena), ha affrescata l’immagine della Madonna, la medesima che oggi si venera nella nicchia sull’Altare maggiore del Santuario. Sotto un arco tondo, dentellato che poggia su due pilastri quadrati, è raffigurata la SS. Vergine, seduta su un cuscino, non in trono, ma per terra, nell’atteggiamento di allattare il Bambino Gesù che stringe delicatamente con la destra al seno. Il capo della Madonna, leggermente chino, è circondato da un’aureola ornata di piccoli raggi; anche il capo del Bambino è ornato di aureola. Sulla spalla sinistra è dipinta una stella, e sotto i piedi, la luna. In basso, a sinistra del dipinto, è ritratta in ginocchio una donna, l’offerente, dall’aspetto senile, con le mani giunte, che guarda fissa nel volto amoroso e serio della Madonna. Per questo atteggiamento, il pittore ha dato all’Immagine il titolo dell’Umiltà ed i fedeli l’hanno sempre venerata come Madonna dell’Umiltà. Le memorie del tempo sono concordi nel riferire che il 17 luglio 1490, in giorno di sabato, alcune pie persone, mentre assistono alla S. Messa celebrata dal sacerdote Tommaso Benannati all’altare della Madonna, al chiarore di un raggio di sole, vedono trasudare dalla fronte dell’Immagine alcune gocce di color vermiglio che scendono fino ai piedi della Vergine, segnando una larga striscia. Questo sudore dura per più settimane e mesi, e le sue tracce sono tuttora visibili. L’autenticità del miracolo, dopo accurati esami, è confermata dal Vescovo Niccolò Pandolfini. L’entusiasmo e la devozione popolare verso la Madonna dell’Umiltà crescono a dismisura, tanto che subito sorge la necessità di provvedere ad un ampliamento della piccola chiesa per contenere le folle dei fedeli che vi accorrono da ogni parte. Appena in Città si profila l’intenzione di erigere un tempio di grande mole in onore della Madonna dell’Umiltà, l’architetto pistoiese Ventura Vitoni, desideroso di rendere omaggio alla Vergine, prepara e consegna al Comune il 27 ottobre 1492 un modello imponente in legno. Il progetto viene completato dalla consulenza di altri grandi architetti del tempo quali Giuliano ed Antonio da Sangallo, Antonio Pollaiolo, ed altri. Il 3 settembre 1495, con processione solenne che si snoda dalla Cattedrale in mezzo ad una grande folla di popolo, il Vescovo benedice le fondamenta già tracciate e la prima pietra “il primo sasso” del Tempio. I lavori, subito iniziati, sono più volte interrotti, un po’ per la peste e la fame che tormentano Pistoia ed il territorio per due anni (1496-97), un po’ per i malumori ed i malcontenti dei cittadini sospettosi gli uni degli altri, e più volte lentamente ripresi. In seguito però alla morte del Ventura, avvenuta nel 1522, essi rimangono definitivamente sospesi; sono completati l’abside ed il vestibolo, mentre la parte centrale ottagonale è rimasta ferma al secondo ordine di finestre. Dopo il 1550, il progetto viene affidato all’architetto Giorgio Vasari il quale modifica lo stile della cupola che nel 1575 dovrà essere addirittura rinforzata da Bartolomeo Ammannati. Solo nel 1578, il 19 dicembre, il Tempio può essere solennemente benedetto ed aperto al pubblico e consacrato il 31 dicembre 1585.