La storia del Santuario inizia nel 1542, quando Michele da Bologna, sacerdote spagnolo, trasporta nel villaggio di San Juan de los lagos una statua della Vergine Immacolata. Un successivo prodigioso miracolo di guarigione di una giovane india suscita un crescendo di devozione da parte di numerosi pellegrini indi, spagnoli e meticci che si è andato via via intensificando, fino a raggiungere gli attuali 6 milioni di pellegrini che ogni anno giungono al Santuario. L’immagine di Nostra Signora di San Juan de los lagos ha l’incanto delle cose semplici, come semplice fu la vita della Vergine di Nazaret. Un’immagine fatta con materiali umili dagli artigiani di queste terre, ma cesellata con immenso amore e frutto di luminosa fede; e che allo stesso tempo possiede il mistero della grandezza propria della Vergine, in cui Dio operò meraviglie, dalla sua Immacolata Concezione fino alla sua gloriosa Assunzione al Cielo. Giovanni Paolo II, nel suo secondo viaggio apostolico in Messico del 1990, così disse fra l’altro al Regina Coeli dell’8 maggio: «…ho voluto venire in pellegrinaggio fino al Santuario di Nostra Signora di San Juan de los lagos per venerare la Vergine Maria che qui, come a Guadalupe, ha accompagnato i primi frutti dell’evangelizzazione in terra messicana. Il grandissimo fervore dei pellegrini che giungono a lei, soprattutto dallo Stato di Jalisco, prova l’affetto filiale che tutti hanno per la Vergine, venerata qui nella sua immagine fin dal XVI secolo, e che ha reso il Santuario di San Juan de los lagos uno dei centri di pietà mariana più importanti di tutta la Nazione. Siamo dinanzi a un’immagine che potremmo definire "risorta", perché fu riscattata dopo un periodo di oblio e restaurata per la gioia e la consolazione dei figli di questi luoghi. Allo stesso tempo, è quasi una immagine "risuscitatrice", poiché la tradizione attribuisce al suo potere miracoloso il portento di aver fatto tornare alla vita una bambina del popolo».